De stad dankt haar naam aan de thermale bron die zeer gewaardeerd werd door koningin Dona Leonor, echtgenote van de 15e-eeuwse koning Dom JoãoII, die de genezende eigenschappen van dit water kon bevestigen toen het haar genas van een wond die lange tijd niet genezen was, hoewel ze verschillende behandelingen had geprobeerd.
Omdat het water in die tijd erg in trek was bij de plaatselijke bevolking, die erin baadde om hun kwalen te genezen, liet de koningin een ziekenhuis bouwen, zodat ze zichzelf op een comfortabele manier konden behandelen. Rond het ziekenhuis ontstond een dorp dat bekend werd als “Caldas da Rainha” (de hete bronnen van de koningin).
Ook tijdens de Tweede Wereldoorlog werd de stad gekozen als toevluchtsoord voor veel buitenlanders die op de vlucht waren voor vervolging door de nazi’s.
Het dorp bleef groeien en bereikte zijn hoogtepunt aan het eind van de 19e en het begin van de 20e eeuw, toen het in de mode was om vakantie te vieren in een kuuroord, en Caldas da Rainha een van de plaatsen was die door de adel en de aristocratie werden uitgekozen.
Caldas was de geboorteplaats van belangrijke figuren uit de Portugese cultuur, met name de schilder José Malhoa (C.19), wiens werk kan worden bewonderd in het naar hem genoemde museum in het Thermaal Park (Dom Carlos I tuin); ook werd hier Rafael Bordalo Pinheiro geboren, de karikaturist uit de 19e eeuw, die de aardewerkfabrieken van Caldas da Rainha stichtte waar het populaire Caldas aardewerk werd vervaardigd, waarvan de bekendste stukken die met karakteristieke humor zijn.
