Alcobaça ligt in de valleien van de rivieren Alcoa en Baça, wat volgens sommige auteurs de oorsprong van de naam is. Er is ook gesuggereerd dat het de Arabische naam van de plaats was die gesplitst werd om de twee rivieren te benoemen.
Alcobaça dankt zijn bekendheid en ontwikkeling aan het klooster of de Koninklijke Abdij van Santa Maria, gesticht door de orde der cisterciënzers in 1153. De bouw begon in 1178 op grond die door Dom Afonso Henriques, de eerste koning van Portugal, was geschonken aan broeder Bernardo van Claraval, stichter van de orde der cisterciënzers, ter vervulling van een gelofte die was afgelegd na de christelijke herovering van Santarém, dat tot 1147 in handen van de Moren was.
Het klooster bezat een uitgestrekt gebied, ook wel “heiligdommen” van Alcobaça genoemd, waar de cisterciënzerorde orde op zaken stelde door dorpen en landgoederen te organiseren. Zij stimuleerde ook de landbouw door nieuwe technieken en landbouwproducten te introduceren die duurzame kenmerken bleken te zijn van deze regio, die ook nu nog een van de belangrijkste fruitproducenten van Portugal is.
Het klooster van Alcobaça, met zijn gebouw naar het voorbeeld van de abdij van Claraval, het hoofdkwartier van de cisterciënzerorde in Frankrijk, is een zeer fraai monument en is door de UNESCO geclassificeerd als werelderfgoed.
De keuken en het gebak zijn sterk beïnvloed door de plaatselijke cisterciënzer kloosters en conventen, met het nonnenklooster van Cos en het kapucijnenklooster in Évora de Alcobaça samen met het klooster van Alcobaça zelf. Het beroemdste snoepje is “Pão de ló”, dat zijn naam ontleent aan de plaats waar het wordt gemaakt – Alfeizerão.
Belangrijk is de uitstekende kwaliteit van het kristal, het aardewerk en het porselein.